孝宗也知道外戚多有不法，可碍着爱妻的面子不便深究。
皇后的两个弟弟到了嘉靖朝仍然不知收敛，多有不法行为。嘉靖皇帝将其下狱。张皇后求情不果，伤心而死。她的两个弟弟后来都死在狱中。
孝宗明辩是非，但在坚持原则方面做得不够。他的宽厚或者说软弱让他勤奋工作的效果打了折扣。明宪宗被称为明朝的中兴皇帝，但实际上并没有做出什么突出成就，仅保国内基本上太平无事而已。
蒙古人仍然在边境猖獗。边官边将根本不是蒙古人的对手。忍无可忍的孝宗一度打算亲自挂帅去征讨蒙古。
兵部尚书刘大夏劝他：皇上神武固然不输给太祖太宗，但明军神勇已不复当年。我们还是守为上策。其实这话的意思是：皇上您从来没领过兵打过仗，神武根本不能和太祖太宗相提并论。现在的军队也不能跟那时的军队同日而语。我们能守住就不错了，还指望征服蒙古？
孝宗也对土木之变心存阴影，于是不再坚持远征。一方面派兵防守、修造长城；一方面选拔武将、训练军队。希望提高军队的战斗力。
明朝一直在不停地修长城。现在看到的长城大都是明长城。
国内频发的灾祸也让孝宗分心不少。不是旱就是涝。黄河几乎年年决堤，造成黄河下游地区洪水泛滥，饥荒遍地。
黄河水含沙量大，有“斗水七沙”之称，水少沙多。大量泥沙被黄河水从上游冲到下游，沉积在河床上，天长日久把河床一层层垫高，最终把黄河变成地上河、空中河。“黄河之水天上来”。黄河成了悬在人们头上的一把达摩克利斯剑，说不定什么时候就会决堤泛滥，洪水从天而降。
黄河屡坏屡修，屡修屡坏，不是这决堤了，就是那溃坝了，不仅让下游百姓频闹饥荒，也让远在北京的皇帝饥一顿饱一顿。北京的粮食都靠运河从南方运来。黄河泛滥也影响了南北漕运。
1492年，黄河在张秋（离武松打虎的景阳冈不远）发生大面积决堤。黄河分成三股向北、东、南三个方向流去。洪水灌入运河，使漕运再次瘫痪。
孝宗下决心根治黄河。他派工部侍郎陈政率领十五万民工整治黄河。但陈政忙了一年，把自己活活累死也没能把洪水归入旧道。
孝宗再派得力大臣刘大夏接着治理黄河，给了他三十万人。
刘大夏赶往灾区。他经过实地考察，发现黄河水急根本堵不住。唯一的办法就是在上游分流、减弱下游的水势，然后再筑坝堵住决口。
决口的地方在山东的张秋镇。他在上游河南开挖河道让河水往南分流，经徐州入淮河最后排到黄海。在分流后，组织敢死队堵住了缺口。
孝宗非常高兴，专门派特使去工地嘉奖刘大夏。
其实分水南流的办法并不是最佳方案。南边地势相对高，水往南流水势渐缓，泥沙沉积渐多，过不了多久就堵塞河道，形成新的灾祸。但刘大夏没有选择，因为要保北边的运河就得祸水南移。
黄河有史以来较大改道26次，重大改道六次。这次是重大改道的第五次。黄河经过若干次改道，从最初的北上天津入渤海，步步南移最终南下徐州入黄海。后来发现水往低处流的自然规律难以抗拒，到了清朝还是改为让黄河北上入海。
治理黄河是非常麻烦的事。刘大夏没有能力根治黄河，只是解决了一时的问题。后来黄河泛滥如故，是历朝历代皇帝都头痛的问题。
治理黄河是明孝宗干得最大的一件事，虽然不够完美，但也尽力了。
在孝宗一朝，因为孝宗比较勤政，并没有出现宦官乱政的问题。孝宗在决策方面主要依靠朝臣，天天按时上朝和文武百官商讨国事。宦官没有欺下瞒上一手遮天的机会。不过，明孝宗并没有放弃使用宦官。宦官依然是明孝宗的重要助手。并且，特务政治也依然继续。
孝宗执政中期因为多病开始懈怠朝政，人也变得有些昏庸。
宦官李广鼓吹丹药可以祛病延年，自称能炼出长生不老药，并且吹嘘擅长法术能去灾避祸。孝宗受其蛊惑，封李广为官。传奉官因此再现江湖。
朝野得知李广受宠，纷纷来走李广的门路。李广趁机大敛其财。有人弹劾李广贪赃枉法，霸占民田。明孝宗不信，置之不理。
转过年，李广建议孝宗在万岁山（北京景山）上建座亭子镇灾辟邪。孝宗对他言听计从，立即照办。没想到亭子落成之时传来孝宗女儿的死讯，随后宫中发生火灾。孝宗找人占卜，说是万岁山上建亭子压了龙脉。孝宗大怒，让人去叫李广。李广闻讯自杀死亡。
孝宗下令抄家，抄出一个账本子，上面记满了文武大臣贿赂李广的金额。孝宗又惊又怒，下令锦衣卫彻查。交接宦官的大臣连夜去求皇后的弟弟。皇后受人之托出面求情，明孝宗放了他们一马。
不过这件事对明孝宗震动很大。他开始反思自己的所作所为，重新抖擞起精神投入工作，远离佞臣，倚重贤臣，重回明君行列。
明孝宗执政期间虽然没有做出什么大成就，但相比明朝中期的玩乐皇帝和懒虫皇帝，他还算是一个很不错皇帝。
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