追求自由、独立和个性解放的明武宗一听勃然大怒，马上下旨：刘瑾等执掌司礼监、东厂等部门，参与朝政；众大臣联名请愿、罢工示威属于奸党乱政，交由刘瑾严肃处理。
逆反心理严重的小皇帝不但不杀不贬还破格提拔刘瑾全权负责管理朝政。
风云骤变，众大臣目瞪口呆。刘健等顾命大臣愤而请求退休。明武宗立即照准。
刘瑾因祸得福，名正言顺地掌握了朝廷大权。他对大臣们进行疯狂的反扑，把请愿大臣定为奸党，撤职、下狱甚至处死。
在“奸党”里面有一个人值得一提，他叫王守仁，是古代唯心主义哲学的代表人物。他是“心学”的创始人，跟理学的创始人朱熹齐名。
王守仁在明武宗一朝是兵部主事（相当于国防部处级干部，六品官），因为得罪刘瑾，被刘瑾杖责四十，贬到贵州龙场（贵州贵阳郊外）做驿丞（驿站的主管，无品级）。贵州那时还是未开化地区，内地很少有人去。
王守仁在龙场也没有事做，开始思考哲学问题，史称龙场悟道。七年悟道终成心学，王守仁招徒授业，成为心学创始人。
后来刘瑾死了，王守仁又被召回朝廷任职。王守仁文武双全，上马治兵，下马治民，封官加爵直至兵部尚书、伯爵。工作之余，王守仁不忘完善心学，传授心学。嘉靖年间，王守仁因病死在任上。他的心学由他的学生们传承下去。
刘瑾在清洗朝堂之后，顺势把自己人安插进去。从此内阁完全被刘瑾控制。朝堂之上慢慢都成了刘瑾的人。
刘瑾下令所有请示汇报必须由他过目转呈皇上。这样一来，外界传到宫中的消息必须经过刘瑾“过滤”过才能被皇上知道。
内阁都是刘瑾的人，唯刘瑾的马首是瞻。按照规矩，内阁票拟经皇上批准后交司礼监批红盖印。但刘瑾当权之后，内阁不敢私自票拟，都是打听清楚刘瑾的想法之后才敢票拟呈上。刘瑾等于集票拟、批红盖印权于一身。朝廷成了他的一言堂。刘瑾一手遮天。
武宗爱玩，刘瑾就顷国库所有供其玩乐。国库空了就设法搜刮百姓，卖官鬻爵。
刘瑾总挑武宗玩得最开心时候去汇报工作。武宗不耐烦了，道：什么事都来烦我，我还要你们干嘛？
刘瑾等的就是这句话。从此把这些“苦活儿、累活儿”都揽了去，让皇上专心游玩。众大臣的奏章都由刘瑾代皇上批示。刘瑾俨然成了二皇帝。大臣们背地里称刘瑾为“立皇帝”，称明武宗为“坐皇帝”。因为上朝时明武宗坐着，刘瑾站在皇帝身后。
刘瑾把持朝政，专横跋扈，胡作非为，惹起众怒。但是朝臣敢怒不敢言。
有个太监写了一封匿名信，揭发刘瑾打压忠良，提拔奸佞。他把信扔到金銮殿上。朝臣上朝时拾起交给了皇上。武宗大怒，提笔在信上批到：你说贤的我偏不用，你说奸的我偏要用！把匿名信交给刘瑾彻查。
刘瑾扣留了文武百官，让他们跪在大殿前直到供出写匿名信的人。大臣们跪了一天。有的坚持不住晕了过去。到了晚上还没人出来自首。刘瑾下令将大臣们全部收押，准备上刑审讯。
第二天，顾命大臣李东阳上书求情。刘瑾看在李东阳的面子上释放了大臣们。
李东阳跟刘健一样也是明孝宗任命的顾命大臣。但是他年老多病，从不来上朝，也很少过问政事，只是一个挂名的顾命大臣。因为李东阳做过明武宗的老师（太子太傅），明武宗对他高看一眼。刘瑾也不能不给李东阳三分薄面。
同样是武宗亲密玩伴的太监张永不满刘瑾独揽大权，经常跟刘瑾闹别扭。有一次当着武宗的面跟刘瑾打了起来。武宗很不高兴。
恰逢安化王（封地在甘肃庆阳县）谋反。武宗派张永做监军去平叛，趁机把他外放出宫。
张永领兵出京，还没到安化。叛军已被周边官军所灭。张永到了安化只是善后而已。
张永在安化了解到地方对刘瑾怨恨极深。安化王也是打着讨伐刘瑾清君侧的旗号造反的。
平叛部队的主帅杨一清曾被刘瑾诬陷下狱，得李东阳搭救得免，对刘瑾恨之入骨。他知道张永跟刘瑾有矛盾，暗地里劝张永揭发刘瑾的罪恶，除掉刘瑾。张永也愿意取刘瑾而代之，决定跟杨一清联手除掉刘瑾这个祸根。
张永押着安化王回京报捷。武宗很高兴，请张永进宫喝酒。张永趁机揭发刘瑾的罪行。他跟武宗讲：安化王其实并不想造反，这都是被刘瑾逼的。他把刘瑾的种种胡作非为告诉了武宗。他说，刘瑾不除，国无宁日。还会有人被刘瑾逼反。并且刘瑾本人就有图谋造反之心。
武宗已经喝得半醉，说刘瑾造反干嘛？张永说：“取天下”。武宗并不在意，说：“天下任彼取之”。天下他愿意拿走就拿走。张永说：天下如果归了刘瑾，您去哪啊？武宗马上酒醒了。什么东西都能送给刘瑾，就是天下不能。天下如果归了刘瑾，我不就成奴才了吗？
不过武宗对刘瑾谋反半信半疑。他下令调查此事，让人先把刘瑾抓起来，然后搜查刘瑾的官邸。他要亲眼看到刘瑾谋反的证据后再定刘瑾的罪。
没想到还真搜出了不少违禁品，例如铠甲、印玺、玉带、与收入不相符的大批财物等。甚至还发现刘瑾经常拿着的扇子中暗藏了两把匕首。这是想刺王杀驾啊。
武宗非常震惊，下令剐了刘瑾。刘瑾一党也随即被清除。
张永因揭发刘瑾谋反有功，得到武宗的奖赏。但他并没能取代刘瑾的地位。武宗仍让张永负责军事方面的事情。武宗也留了个心眼，不想再培养出第二个刘瑾。
不过张永把杨一清引进了内阁。而杨一清入朝后开始拨乱反正，废除了刘瑾时期的弊政，重新启用或召回了被刘瑾迫害的人。败坏的朝政开始得以修复。
刘健、王守仁等就是在此时陆续回朝。
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